2006年3月、統幕の新設、陸・海・空幕から統幕への運用機能の移管といった体制の整備を行い、自衛隊の運用の態勢は「統合運用を基本とする態勢」に移行しました。これにより、自衛隊の運用に関する軍事専門的見地からの大臣補佐機能は統幕長に一元化されましたが、統合作戦については、必要に応じて、陸・海・空の部隊のいずれか2以上の部隊からなる統合任務部隊を臨時に組織し、対応していました。例えば、大規模災害などの各種事態が生起した際、統幕長と陸・海・空幕長との間でその都度調整の上、臨時に統合任務部隊を組織して対処しており、平素から陸・海・空自を有機的かつ一体的に運用するという課題は残されたままでした。
このため、平素から有事まであらゆる段階におけるシームレスな領域横断作戦を実現すべく、2025年3月24日、市ヶ谷に統合作戦司令部を新設しました。統合作戦司令官は、自衛隊の運用に関し、大臣の命令を受け、平素から部隊を一元的に指揮します。これにより、各種事態が生起した際も、情勢の推移に応じたシームレスな対処が可能となりました。
また、2024年7月の日米「2+2」において、統合作戦司令部と米軍のカウンターパート関係などについて議論を進めていくことで一致し、在日米軍がインド太平洋軍司令官隷下(れいか)の統合軍司令部として再構成されることとなりました。こうした取組により、日米それぞれの指揮・統制の枠組みが向上するなど、日米の相互運用性および即応性の強化に資するものとなっています。
統合作戦司令部の看板
司令官旗授与の状況