00（平成12）年9月の「2＋2」において、両国政府は、環境保護が重要であるとの認識のもと、在日米軍施設・区域の周辺住民、米軍関係者やその家族などの健康と安全の確保を共通の目的とすることに合意し、「環境原則に関する共同発表」¹を行った。この発表のフォローアップのため、日米協議が強化され、具体的には、日本環境管理基準²（JEGS：Japan Environmental Governing Standards）の定期的見直し³の際の協力の強化、環境に関する情報交換、環境汚染への対応などにかかわる協議について、関係省庁が連携して取り組んでいる。
また、10（同22）年5月の「2＋2」では、「緑の同盟」のアプローチをとる可能性について議論がなされ、日本国内において整備中の米国の基地に再生可能エネルギーの技術を導入する方法を、在日米軍駐留経費負担（HNS）の一構成要素とすることを含め検討された。その結果は、在日米軍駐留経費負担の包括的見直しに反映されている。
さらに、同会合においては環境関連事故の際の米軍施設・区域への合理的な立入り、返還前の環境調査のための米軍施設・区域への合理的な立入りを含む環境に関する合意を速やかに、かつ真剣に検討することとされた。これを受け、作業部会が設置され、日米双方の事務当局がその実現に向け協議を重ねている。

わが国は、在日米軍施設・区域の周辺地域の生活環境などの整備のための措置⁴を行っている。また、市町村に対し、固定資産税の代替的性格を有する基地交付金⁵などを交付している。
さらに、在日米軍施設・区域の周辺地域において、米軍人などによる事件・事故が地域や住民に影響を与えており、政府は、米軍に対し、軍人などの教育や綱紀粛正といった再発防止策について実効性のある措置を講ずるよう求めている。また、こうした再発防止策に協力するとともに、事件・事故による被害に対し、迅速で適切な補償が行われるよう措置している。