競争原理を働かせることにより、防衛省にとって可能な限り望ましい条件で戦闘機を取得するという今般の機種選定の目的を達成するためには、選定手続の具体的内容においても、透明性および公正性が確保されていることが不可欠である。透明性については、評価方法の概要を提案要求書に記載したほか、提案要求書にかかる質疑応答の内容を全ての提案予定者に共有することなどにより担保した。公正性については、あらかじめ11（同23）年4月1日に防衛大臣が決定した「評価基準書」を提案予定者の眼前で封緘（ふうかん）し、当該「評価基準書」に厳格に則って提案書の評価を行うことなどにより担保した。
提案書の評価方法は3段階により構成されており、その概要は図表II―3―5―2のとおりである。