（1）基本的な考え方
ア　統幕長が、陸・海・空自を含めた統一的な運用構想を立案し、自衛隊の運用に関する軍事専門的観点からの大臣の補佐を一元的に行う。
イ　自衛隊の運用に関する大臣の指揮は統幕長を通じて行い、自衛隊の運用に関する命令は、統幕長が執行する。

（2）統合運用に必要な中央組織の整備
　統合運用体制への移行の結果、統幕長と陸上・海上・航空幕僚長（陸・海・空幕長）による大臣の補佐は次のような体制となっている。

ア　統幕長による自衛隊の運用に関する軍事専門的な観点からの大臣補佐の一元化と陸・海・空幕長による部隊の整備責任
　統合幕僚監部（統幕）は、陸上・海上・航空幕僚監部（陸・海・空幕）から移管・集約した各自衛隊の運用に関する機能を担い、陸・海・空幕は、人事、防衛力整備、教育訓練などの部隊を整備する機能を引き続き保持している。
　加えて、統幕長は、適切に部隊を運用し自衛隊の統合運用による円滑な任務遂行を図る観点から、中長期的な防衛構想・戦略や年度計画の方針的事項を作成して、陸・海・空自の機能に対して必要なニーズを明らかにし、各幕僚長はこれを踏まえ、各種措置を講ずる。
（図表III-1-1-8参照）

　なお、自衛隊の運用に必要な情報についても、情報本部が統幕および部隊などに提供する。
イ　自衛隊の運用に関する大臣の命令の統幕長による執行
　陸・海・空自の全ての運用に関しては、統幕長が大臣の命令を執行する。この際、「統合任務部隊」¹が組織された場合はもとより、単一の自衛隊の部隊を運用して対処する場合（例：陸自の部隊のみを運用する場合）であっても、この部隊の運用に関する大臣の指揮命令は、統幕長を通じて行われる。
（図表III-1-1-9参照）