改革会議は、前述の改革の三原則をより確実・効果的に実行するためには、官邸と防衛省の組織面での改革が必要であると提言した。

(1)戦略レベル − 官邸の司令塔機能の強化
　改革会議は、官邸が、安全保障会議やその他関係閣僚会議などを活用し、安全保障に関する重要事項について幅広く積極的に議論することにより、官邸の司令塔機能を強化すべきであると提言した。

参照　資料86

(2)防衛省の司令塔機能強化のための組織改革
　防衛省の現行の組織を基本的には存続させつつも、その機能や責務の割り振りを組み替えることによって、不祥事案の発生を防ぎつつ、文民統制を機能させ、より実効的な防衛政策が実施できる体制を作るべきであると提言した。

参照　資料86