改革会議は、防衛省・自衛隊が前述の改革の三原則をより確実・効果的に実行するためには、官邸および防衛省の組織面での改革が必要であると提言した。

(1)戦略レベル−官邸の司令塔機能の強化
　改革会議は、官邸が、安全保障会議やその他関係閣僚会議なども活用し、安全保障に関する重要事項について幅広く積極的に議論することなどにより、官邸の司令塔機能を強化すべきであると提言した。
　具体的な施策については、図表IV-1-3のとおりである。

(2)防衛省における司令塔機能強化のための組織改革
　改革会議は、防衛省における現行の組織を基本的には存続させつつも大胆な改革を行い、さらにその機能や責務の割り振りを組み替えることによって、不祥事の発生を防ぎつつ、文民統制を機能させ、より実効的な防衛政策が実施できる体制を作るべきであると提言した。
　具体的な施策については、図表IV-1-4のとおりである。