（1）基本的な考え方
　不審船には、警察機関である海上保安庁が第一義的に対処するが、海上保安庁では対処することが不可能または著しく困難と認められる場合には、機を失することなく海上警備行動を下令し、自衛隊が海上保安庁と連携しつつ対処する。
　防衛省・自衛隊では99（平成11）年の能登半島沖での不審船事案⁵や、01（同13）年の九州南西海域での不審船事案⁶などで得られた教訓・反省事項を踏まえ、不審船に対して効果的かつ安全に対処するため、関係省庁と連携を強化し、政府として万全を期すべく必要な措置を講じてきている。

（2）不審船対処のための自衛隊法の改正
　不審船を停船させるための武器使用権限のあり方を中心に法的な整理を含めた検討が行われ、01（同13）年、自衛隊法を改正し、海上警備行動時などの武器使用の規定を追加した。

参照＞　資料28

（3）不審船対処のための装備などの充実
　海自は、1)新型ミサイル艇の速力向上など⁷、2)「特別警備隊」⁸の編成、3)護衛艦などへの機関銃の装備、4)強制停船措置用装備品（平頭弾）⁹の装備、5)艦艇要員充足率の向上などの事業を行った。

（4）海上保安庁との連携の強化のための措置
ア　連携強化のための枠組みの整備
　99（同11）年、防衛庁（当時）は、海上保安庁との間で「不審船に係る共同対処マニュアル」を策定し、不審船が発見された場合の情報連絡体制や初動対処要領、海上警備行動の発令前後における役割分担（共同対処要領）などについて規定した。

イ　海上保安庁との共同訓練
　防衛省および海上保安庁は、定期的な相互研修、情報交換および共同訓練などを実施するとともに、海自は、同マニュアルに基づき、不審船に対する追尾・捕捉の要領や通信などの共同訓練を海上保安庁と行っており、連携の強化を図っている。
　昨年3月12日には、佐世保沖において、共同実動訓練を行った。