06（平成18）年3月、統合運用体制への移行に伴い、これまで統合幕僚会議（当時）の下に置かれていた情報本部を防衛庁長官（当時）直轄の特別の機関とし、「防衛省の中央情報機関」としての地位・役割を明確にした。
　これにより、防衛省の情報部門においても、全体の視点からのより広範な情報の収集、広く省内各機関のニーズを踏まえた、より高度な分析、大臣に対するより迅速・的確・直接の報告といった機能が強化された。