中期防では次のとおり組織の見直しを行い、防衛大綱に定める新たな防衛力の体制へ早期かつ効率的に移行することとしている。
1)防衛行政を担う組織の充実・強化を図るため、内部部局などのあり方などについて検討の上、所要の措置を講ずる。
2)統合運用体制を強化するため、統合幕僚監部の設置と各幕僚監部の改編を行う。また、統合運用の成果を踏まえて、統合運用を実効的に行い得る組織などのあり方について検討の上、必要な措置を講ずる。
　また、情報本部については、防衛庁長官（当時）直轄の組織とする。
3)陸上・海上・航空自衛隊については、中期防完成時に前節の図表II-2-2-5に示す体制へ移行する。