防衛庁長官は、内閣総理大臣の指揮監督を受け、自衛隊の隊務を統括する。その際、副長官および２人の長官政務官が長官を助ける。また、事務次官が長官を助け、事務を監督することとされているほか、基本的方針の策定について長官を補佐する防衛参事官が置かれている。
　さらに、長官を補佐する機関として、内部部局、統合幕僚監部（統幕）（３章１節参照）・陸上・海上・航空幕僚監部（陸・海・空幕）が置かれている。内部部局は、自衛隊の業務の基本的事項を担当し、官房長および局長はその所掌に応じ、長官が統合幕僚長（統幕長）または陸上幕僚長（陸幕長）・海上幕僚長（海幕長）・航空幕僚長（空幕長）に対し指示・承認などを行うに際し補佐する。統幕は、自衛隊の運用に関する長官の幕僚機関であり、統幕長は、自衛隊の運用に関して軍事専門的観点からの長官補佐を一元的に行う。陸・海・空幕は、各自衛隊の隊務（運用を除く）に関する長官の幕僚機関であり、陸・海・空幕長は、各自衛隊の隊務に関する最高の専門的助言者として長官を補佐する。