在日米軍駐留経費負担は、日米安保体制の円滑かつ効果的な運用を確保する上で重要である。このような観点から、わが国は財政事情などにも十分配慮しつつ、日米地位協定の範囲内で、あるいは特別協定¹に基づいて、できる限りの努力を払ってきた。現在、防衛庁においては、在日米軍駐留経費負担として、1)在日米軍が使用する施設・区域についての提供施設整備費²、2)在日米軍従業員の労務費、3)在日米軍が公用のため調達する光熱水料など、4)日本側の要請による在日米軍の訓練の移転に伴い追加的に必要となる経費（訓練移転費）の負担を行っている。
　また、平成13年度から平成17年度までを対象とした特別協定（前協定）が本年３月31日に失効するものとされていたことから、政府は、日米両国を取り巻く諸情勢に留意し、在日米軍駐留経費の日本側による負担を図り、在日米軍の効果的な活動を確保するため、05（平成17）年２月以降、米国政府と協議しつつ、検討を行ってきた。
　その結果、新たな特別協定について最終的な合意に至り、本協定は、本年１月に日米間で署名され、国会の承認を経て、同年４月１日に発効した。本協定では、在日米軍再編の進展の結果を見極めることが困難であるとの特殊な事情を踏まえ、対象期間を従来の５年間ではなく、さらに暫定的な２年間としつつ、労務費、光熱水料などおよび訓練移転費の３種類の経費について、前協定の負担の枠組みおよびその水準を維持した。他方で、本年度の提供施設整備費については、わが国の厳しい財政事情にかんがみ、より一層の節減に努め、これにより、在日米軍駐留経費負担を全体として抑制した。なお、今後の在日米軍駐留経費負担のあり方については、在日米軍再編の成行きを見極める必要があり、本協定が失効する２年後に、その時点で厳しい財政事情や日米安保体制の円滑かつ効果的な運用の必要性といった種々の要素を改めて総合的に勘案して対応することとなる。
（図表4-3-10参照）

　これらの在日米軍駐留経費負担のほか、政府は在日米軍施設・区域の提供に必要な経費（施設の借料など）の負担、同施設・区域の周辺地域における生活環境などの整備のための措置、在日米軍従業員の離職対策などを行っている。また、市町村に対して固定資産税の代替である基地交付金³などを交付している。
（図表4-3-11参照）