防衛大臣は、自衛隊法の定めるところに従い、自衛隊の隊務を統括する。その際、防衛副大臣および2人の防衛大臣政務官が防衛大臣を助ける。また、事務次官が防衛大臣を助け、事務を監督することとされている。これまで、基本的方針の策定について防衛大臣を補佐する防衛参事官が置かれていたが、本年度は、防衛大臣を補佐する体制を強化し、文民統制の徹底を図るため、形骸化している防衛参事官制度を廃止し、防衛会議の法律上の新設や防衛大臣補佐官の新設を行うこととしている。
　そのほか、防衛大臣を補佐する機関として、内部部局、統合幕僚監部(統幕)および陸上・海上・航空幕僚監部(陸・海・空幕)が置かれている。内部部局は、自衛隊の業務の基本的事項を担当し、官房長および局長はその所掌に応じ、防衛大臣が統合幕僚長(統幕長)または陸上・海上・航空幕僚長(陸・海・空幕長)に対し指示・承認などを行うに際し補佐する。統幕は、自衛隊の運用に関する防衛大臣の幕僚機関であり、統幕長は、自衛隊の運用に関して軍事専門的観点からの防衛大臣の補佐を一元的に行う。陸・海・空幕は、各自衛隊の隊務(運用を除く)に関する防衛大臣の幕僚機関であり、陸・海・空幕長は、各自衛隊の隊務(運用を除く)に関する最高の専門的助言者として防衛大臣を補佐する。