統合運用体制への移行にともない、これまで統合幕僚会議(当時)の下に置かれていた情報本部を、防衛庁長官(当時)直轄の特別の機関とし、「防衛省の中央情報機関」としての地位・役割を明確にした。これにより、防衛省の情報部門においても、省内各機関の情報関心を踏まえた、より広範な情報の収集、より高度な分析、大臣に対するより迅速・的確・直接の報告などの機能が強化された。