防衛省の取り扱う情報の中には、漏えいすればわが国の防衛に重大かつ深刻な影響を及ぼすものがあり、このような秘密を保全することは、国の防衛を全うし、安全を保持する上で不可欠な基盤である。
　したがって、防衛省においては、日米相互防衛援助協定等に基づき米国から供与された装備品等に関する事項を内容とする「特別防衛秘密」、自衛隊の運用や防衛力整備等に関する一定の事項のうち、わが国の防衛上特に秘匿することが必要であるとして防衛大臣が指定する「防衛秘密」、およびこれら以外の防衛省の業務に関する秘密であるいわゆる「省秘」の3種類の秘密について、関係者以外の者がみだりに触れることのないよう、秘密の指定手続、秘密の厳正な伝達、保管、廃棄等の取扱い手続を定めるなど、その保全に努めている。
　また、以下で詳しく述べるように、昨年2月に判明したインターネットを通じた情報流出事案などを踏まえ、再発防止のための抜本的対策などに取り組んでいるほか、近年、契約企業においても、情報流出事案が発生している状況にかんがみ、特に秘密について企業における保全措置がより実効的に実施されるようにするため、民事上の措置として、秘密の漏えいに対する違約金に係る条項を契約に盛りこむこととしている。