在日米軍施設・区域をめぐる環境問題について、00（同12）年9月、「2＋2」会合において、日米両国政府は、在日米軍施設・区域にかかわる環境保護が重要であるとの認識の下、在日米軍施設・区域の周辺住民、米軍関係者やその家族などの健康と安全の確保を共通の目的とすることに合意し、「環境原則に関する共同発表」⁷を行った。この発表のフォローアップのため、日米協議が強化され、具体的には、日本環境管理基準⁸（JEGS:Japan Environmental Governing Standards）の定期的見直しの際の協力の強化、環境に関する情報交換、環境汚染への対応などにかかわる協議について関係省庁が連携して取り組んでいる。また、昨年5月の「2＋2」会合においても、環境への適切な配慮を含む日米地位協定の運用改善の重要性について日米間で確認した。
　また、昨年9月以降、日米双方の関係者が参加し、08（同20）年に予定されている米原子力空母への交替を念頭に、原子力空母に関する防災・安全対策についての実務者協議に取り組んでおり、防災訓練シナリオおよび相互支援協定などに関する協議を行っている。