新たな安全保障環境下における政策課題に適切に対応するとともに、防衛庁長官（当時）の補佐体制の充実・強化を図るため、04（平成16）年8月、防衛庁長官（当時）から組織検討に関する長官指示が発出された。これを受け、庁内で幅広く検討を行い、05（同17）年8月に検討の最終報告を行った上で、平成18年度予算に計上し、所要の法改正を行い、昨年7月に防衛参事官制度の見直しや内部部局、地方組織および取得管理組織などの改編を行った。改編の概要は、図表II-3-3-3のとおりである。