統合運用体制を整備するにあたり、統合幕僚会議事務局や陸・海・空幕などを見直し、効率化を図り、統合幕僚監部の新設などを行った。その結果、統幕長と陸・海・空幕長による長官の補佐は次のような体制となった。

（1）統幕長による自衛隊の運用に関する軍事専門的な観点からの長官補佐の一元化と陸・海・空幕長による部隊の造成責任
　従来の統合幕僚会議事務局を廃止して新設された統合幕僚監部は、陸・海・空幕から移管・集約した各自衛隊の運用に関する機能を担い、陸・海・空幕は、人事、防衛力整備、教育訓練などの機能を引き続き保持することとなった。すなわち、統幕長が部隊の運用に関する機能を担い、陸・海・空幕長が部隊を造成する機能を担うこととなった。
　加えて、統幕長は、陸・海・空幕僚長の担う機能に対して、自衛隊の統合運用による円滑な任務遂行を図る見地から必要なニーズを明らかにし、各幕僚長はこれを踏まえ、統合運用の実効性を確保する観点から各種措置を講ずることになった。
（図表3-1-2参照）

　なお、これまで陸・海・空幕がそれぞれ保持してきた自衛隊の運用に必要な情報機能についても、後述の情報本部の中に保持することとし、緊急・動態部を廃止して、統合情報部を新設した。これにより、自衛隊の運用に必要な情報は、情報本部が統合情報部を通じて、統幕および部隊などに提供されることとなった。

（2）自衛隊の運用に関する長官の命令の統幕長による執行
　防衛出動や治安出動、国際緊急援助活動をはじめとした陸・海・空自の全ての運用に関しては、統幕長が長官の命令を執行することになる。この際、「統合任務部隊」¹が組織された場合はもとより、単一の自衛隊の部隊を運用して対処する場合（例：陸上自衛隊の部隊のみを運用する場合）であっても、当該部隊の運用に関する長官の指揮命令は、統幕長を通じて行うことになった。
（図表3-1-3参照）